Đồng bằng bắc bộ thường xuyên có nạn lũ lụt. Khi Lý Thái Tổ, vua đầu tiên của nhà Lý, dời đô từ Hoa Lư về Thăng Long, ông bắt tay ngay vào công việc trị thủy. Công việc tiến hành phải đến đời vua sau, đời Lý Thái Tông, mới cơ bản xong, các đoạn đê đã được nối vào nhau và có quy mô gần như ngày nay. Trong những năm xây dựng hệ thống đê, nạn lụt vẫn thường xảy ra. Khi đó, mẫu Thoải đã phái các thủy thần, tướng lĩnh của mình đến các làng ven kinh thành Thăng Long để âm phù, giúp dân đắp đê chống lụt. Tại các làng Nhật Chiêu, Quảng Bá, Tây Hồ, Yên Phụ... nay vẫn còn ghi lại các thần tích.

Vào thời Lê, niên đại Vĩnh Thọ, có lần nước sông Hồng dâng lên rất cao, tràn cả vào Yên Phụ. Nhà vua phải thân hành làm lễ Nam giao (lễ tế cáo trời đất). Mẫu Thoải đã lập tức ứng hiệu và âm phù giúp dân chống lụt và xua đuổi thủy quái.

Đời Lê Thánh Tông, nhà vua đem quân đi đánh Chiêm Thành. Khi thuyền đi qua vùng Phú Xuyên, Kim Bảng, thì một trận cuồng phong nổi lên. Vua sai lập đàn tràng để cầu xin các vị thần thánh. Mẫu Thoải hay tin, phái một tướng đến dẹp yên gió. Khi thắng trận trở về, nhà vua nhớ công ơn, phong tặng cho tướng ấy là Thượng Đẳng Thần, lấy hiệu là Nguyệt Nga công chúa.